Il museo, ospitato nei locali del Dipartimento di matematica, è stato allestito con l'intento di creare una struttura innovativa che avvicinasse il pubblico adulto e gli studenti delle scuole al mondo della matematica. Il primo nucleo di materiale che dette vita al progetto derivò dalla mostra "I racconti di Numeria", allestita nel 1999 in collaborazione con il comune di Roma. Questa esposizione, insieme alla successiva che seguì l'anno dopo, "Le regole del regolo", ha permesso la raccolta di numerosi oggetti matematici, strumenti, modelli e macchine matematiche che inducono a un approccio manipolativo e interattivo, al fine di stimolare il visitatore a sperimentare i modelli matematici e a comprenderne le regole che ne stanno alla base. Tra i vari oggetti esposti, particolarmente interessanti figurano la collezione di poliedri e quella di modelli in gesso di superfici geometriche