L'Acquario di Messina è l'unica struttura scientifica di tal genere esistente nell'Italia meridionale insieme all'Acquario di Napoli. E' stato costruito all'interno della Villa Mazzini all'inizio degli anni 60 dall'Istituto Talassografico di Messina, grazie ad un apposito finanziamento concesso dalla Regione Sicilia. Nel 1986 è stato ceduto in comodato al Comune di Messina che lo ha gestito fino alla costituzione del CeSPOM. Nella struttura sono presenti circa 70 diverse specie di pesci, molluschi, crostacei e rettili del Mediterraneo ospitate in 22 vasche con capienza variabile da 2.500 a 18.000 litri d'acqua, alimentate a circuito aperto con acqua di mare prelevata direttamente dallo Stretto di Messina.