Nasce nel 1984 (aperto al pubblico dal 1989). La sua istituzione si rese necessaria dopo la grande mostra di “Antonello da Messina”e del “Quattrocento Siciliano“, tenutasi nella città peloritana nel 1953 dove furono esposte alcune opere del patrimonio castrense restaurate per l’occasione. Ciò fece prendere coscienza dello stato di deterioramento in cui versava il patrimonio artistico della città. Per vari problemi però l’istituzione del Museo diventerà realtà solo negli anni ’80.

Dopo il terremoto del 1978, che arrecò gravi danni al patrimonio artistico l’Amministrazione comunale destinò i locali demaniali dell’ex Oratorio dei PP. Filippini ( edificio del 1632), restaurati dopo il sisma, a sede del Museo Civico e dell’Archivio Storico.

Il Museo si compone di un piano terra e un primo piano. Il visitatore che vi entra si trova a percorrere un itinerario artistico che lo proietta nel periodo storico che va dal 1400 al 1700, con opere di cultura messinese.