Il museo è ospitato nel presbiterio della chiesa di San Giovanni, risalente al XVII secolo, situata nel cuore del piccolo centro anglonese.

Il percorso ha inizio all'interno della chiesa. Data la valenza territoriale del museo, in esso è stata allestita la Sala dei Comuni che ospita una mostra fotografica permanente sui venti comuni del consorzio ed i loro principali beni culturali e paesaggistici, il tutto completato da pannelli didascalici. Questo spazio vuole offrire al visitatore l'occasione per conoscere il territorio nel suo complesso e le importanti emergenze culturali e naturalistiche degne di essere visitate di persona.

Vi sono esposti paramenti e argenti sacri dal XVI al XIX secolo, alcune statue lignee, tra le quali di particolare rilevanza, una "Dormitio Virginis" del XVI secolo.

Le tele di scuola manierista costituiscono il cuore della collezione. Tra queste risaltano la Nascita di Gesù, di cui non è stato ancora individuato l'autore, e il Miracolo di San Pantaleo, del 1595, una delle poche opere rimasteci del noto pittore ogliastrino Andrea Lusso.

Un secondo filone espositivo è dedicato ai riti della Settimana Santa nella tradizione popolare di Martis, espressi nel prezioso crocifisso del XV secolo, e nella costumistica dei confratelli di Santa Croce e del Rosario.