Il Museo Civico Aufidenate è ospitato nel convento francescano della Maddalena alla periferia di Castel di Sangro; la struttura, sorta alla fine del XV secolo sul sito di un ospizio per i pellegrini, si trovava lungo la Via degli Abruzzi, la principale arteria commerciale della regione.

Il nucleo originario del museo, aperto nel 1898, contava 335 reperti archeologici e 130 monete e deve il suo nome alla disputa tra gli archeologi per l'identificazione dell'antico abitato di Castel di Sangro; poiché alcuni di loro proponevano il municipio romano Aufidena, l'antiquarium fu chiamato Museo Civico Aufidenate.

Il convento subì un progressivo degrado all'inizio del XX secolo; a questo si aggiunse la dispersione di gran parte della collezione durante la Seconda Guerra Mondiale, eccezione fatta per il lapidarium e alcuni cimeli.

Attualmente il museo è suddiviso in tre sezioni: Preistoria e Protostoria al piano terra, la sezione romana e quella medievale-moderna al primo piano.

Nella sezione di Preistoria e Protostoria sono esposti reperti che testimoniano la presenza dell'uomo nell'Alto Sangro: fossili e reperti del Paleolitico, statuette dell'età del Ferro e manufatti in ceramica riferibili alla produzione osca.

La sezione romana comprende epigrafi e corredi funerari dell'antico Antiquarium, terrecotte votive e terraglie provenienti da una domus romana; la sezione medievale-moderna raccoglie statue e frammenti ceramici che attestano la ricca produzione di vasellame a Castel di Sangro.

La struttura ospita anche un orto botanico, un presepe di scuola napoletana e il museo internazionale della pesca a mosca di Kuckiewicz.