La Pinacoteca del Museo Civico "Ala Ponzone" ha sede nel cinquecentesco palazzo Affaitati. Costituitasi nel corso dei secoli a partire dal Cinquecento, principalmente con le raccolte della famiglia Ponzone, legata ad uso pubblico col testamento del marchese Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone nel 1842, ed ampliata con le opere provenienti da alcune soppresse chiese cremonesi, la raccolta di dipinti e sculture assomma oggi a più di duemila pezzi, solo in parte esposti nelle sale del Museo, tra cui spiccano il "San Francesco in meditazione" di Caravaggio e "L'ortolano" di Giuseppe Arcimboldi.

Un recente intervento ha portato all'apertura della Sala del Platina che contiene il prezioso armadio intarsiato, capolavoro dell'arte lignaria rinascimentale, eseguito per la Cattedrale di Cremona tra il 1477 e il 1480 dall'artista mantovano Giovanni Maria da Piadena, detto il Platina.

Il Museo Civico ha ospitato inoltre Le Stanze per la Musica ovvero la collezione di strumenti storici di Carlo Alberto Carutti, una delle più importanti raccolte di strumenti a corda per la qualità, rarità e stato di conservazione degli strumenti che la costituiscono.