Il primo stanziamento sorse nel XVI secolo a.C. ed ebbe continuità di vita fino all’età del Ferro, quando tutto il territorio della Puglia era abitato dagli Iapigi. Intorno alla fine del VI sec. a.C., Egnazia si connotò come insediamento della Messapia, corrispondente alle attuali province di Brindisi e Lecce. A partire dal III sec. a.C., con la presenza romana nel territorio, la città si trasformò e nel I sec. a.C. acquisì lo status municipale, assumendo grande importanza grazie alla presenza del porto e della via Traiana. Dal VI sec. d.C. la parte bassa dell’abitato venne progressivamente abbandonata e lo stanziamento continuò sull’Acropoli, fino al XIII secolo.

Della fase messapica di Egnazia restano le poderose mura di difesa e le necropoli, con tombe a fossa, a semicamera e le monumentali tombe a camera. Della città romana si possono ammirare i resti della Via Traiana, della Basilica Civile con l’aula delle Tre Grazie, del Sacello delle divinità orientali, della piazza porticata, del criptoportico e delle terme. Tra gli edifici di culto cristiano, sorti tra il IV ed il VI sec. d.C., si segnalano la Basilica Episcopale con il battistero e la Basilica Meridionale, originariamente pavimentate con mosaici.

Il museo, edificato nel 1975 all’esterno delle mura di cinta dell’antica Gnathia, ai margini della necropoli occidentale, ha accolto a partire dal 1981 una serie di mostre temporanee, mantenendo anche stabilmente una mostra didattica su ‘Egnazia, la storia e i monumenti’. L’allestimento attuale, posto al piano rialzato dove sono anche gli uffici di direzione e segreteria, è stato inaugurato nel luglio 2013.Il percorso espositivo, diviso in 7 sezioni, narra le vicende che hanno caratterizzato la ricerca archeologica ad Egnazia e l’evoluzione storica del sito dal XVI sec. a.C. fino al XIII secolo d.C., epoca dell’abbandono. I reperti e le immagini illustrano le peculiarità che hanno caratterizzato il primo insediamento di capanne nell’età del bronzo, l’influenza della cultura iapigia e messapica, la fase romana e quella paleocristiana, con la città che diventa sede vescovile. L’ultima sezione raccoglie testimonianze relative alla presenza longobarda ed alle ultime tracce di frequentazione dell’area. I reperti provengono da scavi effettuati nell’abitato e nelle necropoli di Egnazia, ma anche dal territorio.

Nelle fondazioni del museo è inoltre inglobata una tomba a camera messapica del IV sec. a.C., la cosiddetta Tomba delle Melagrane.