Il museo si compone di tre sezioni: la prima è la basilica barocca, che vanta una delle più belle facciate settecentesche tra le chiese della Sicilia orientale e al cui interno si possono ammirare affreschi di artisti acesi, sculture e arredi; la seconda sezione comprende le sale del Tesoro, in cui sono esposti preziosi, vasi sacri e arredi liturgici in argento e oro; la terza sezione, collocata nella cripta settecentesca della basilica, comprende una collezione di paramenti sacri finemente ricamati in oro e seta, statue lignee di pregevole fattura e tele di rinomati artisti siciliani.