Il Museo si prefigge di fare conoscere il Comprensorio Calatino ed in particolare le sue manifestazioni naturalistiche più interessanti. I materiali esposti, prevalentemente siciliani e del comprensorio, sono ordinati in chiave didattica; gli spazi espositivi sono pertanto ricchi di immagini, schemi e cartografie. E’ ripartito in tre sezioni:

1 - SEZIONE INTRODUTTIVA Questa sezione presenta il comprensorio calatino sotto il profilo geografico e antropologico attraverso dei pannelli di sintesi (geografia fisica e antropica) e delle bacheche con manufatti che evidenziano la presenza umana nel territorio.

2 - SEZIONE GEOLOGICA Questa sezione si propone di fare conoscere sinteticamente la storia geologica della Sicilia e conseguentemente del comprensorio e presentare alcune delle più significative manifestazioni paleontologiche e mineralogiche che lo caratterizzano.

3 - SEZIONE BIOLOGICA (ambiente boschivo) E' incentrata sull'ecosistema boschivo, sui boschi del comprensorio ed in particolare su quelli di Santo Pietro e di Niscemi, recentemente tutelati con la creazione di due riserve naturali orientate “Bosco di Santo Pietro” e “Sughereta di Niscemi”.