Il complesso museale sorge sul roccione riolitico del"Castello" di Lipari un'imponente cupola di formazione vulcanica con caratteristiche di fortezza naturale. Il Museo, costituito da sei padiglioni, che accolgono rispettivamente: la Sezione Preistorica, la Sezione Epigrafica, la Sezione delle Isole Minori, la Sezione Classica, la Sezione Vulcanologica, la Sezione di Paleontologia del Quaternario, documenta ed illustra, attraverso i complessi dei reperti esposti, gli insediamenti umani e lo sviluppo delle civiltà succedutesi, nell'Arcipelago Eoliano, dalla Preistoria alle soglie dell'Età Moderna.

Il percorso scientifico è agevolato dal ricco ed esaustivo apparato didattico.

Disponibili per la consultazione del pubblico sono inoltre, all'interno della Sezione Preistorica, della Sezione delle Isole Minori e della Sezione Classica, delle postazioni informatiche di facile accesso per quanti vogliano più ampi spunti di approfondimento, e sui complessi esposti nel Museo e sulle emergenze archeologiche e/o monumentali del Castello.