La chiesa di S. Pellegrino faceva parte, in origine, dell'abbazia benedettina di San Pellegrino e Santa Maria, le cui proprietà si estendevano per 4000 ettari fino alla strada consolare Claudia e alla chiesa di San Benedetto in Perillis. Nel XII secolo il complesso si fregia del titolo abbaziale e mantiene l'indipendenza fino al XVI secolo, quando i monaci decisero di abbandonare il monastero, come segno di protesta per la perdita di autonomia.

La chiesa originaria fu costruita nell'VIII secolo, sul luogo in cui fu sepolto il santo siriano Pellegrino, le cui spoglie furono trasferite a Bominaco tra III e il IV secolo. La configurazione attuale è frutto di un restauro del XIII secolo, che sostituiva l'edificio precedente.

L'edificio presenta tre ingressi: quello principale con pronao del XVIII secolo, uno sul retro in prossimità del rosone ed uno laterale.

L'oratorio è ad aula rettangolare con volta ogivale suddivisa in quattro archi poggianti su lesene; l'ambiente è diviso dai plutei che separano la zona presbiteriale da quella riservata ai fedeli. Le pareti sono interamente affrescate con episodi tratti dal Vangelo, la Deesis e uno dei più antichi calendari monastici con le personificazioni dei mesi, i segni zodiacali e le fasi lunari.