L'Orto Botanico è nato come Giardino di piante medicinali (i Semplici) nel 1545 ed è fra i tre Orti più antichi al mondo insieme con quelli di Pisa e Padova.

Oggi il Giardino dei Semplici, secondo la definizione del Botanic Garden Conservation Interational (Organismo che annovera gli orti botanici di tutto il mondo), è “un'istituzione che possiede documentate collezioni di piante viventi per le finalità di ricerca scientifica, conservazione, esposizione ed educazione”.

Nel 2004 l'Orto è stato nominato CESFL (Centro per la conservazione ex situ della flora) dalla Regione Toscana e svolge tale attività in collaborazione con gli Orti di Pisa e Siena.

Con visite guidate, laboratori e attività culturali l'Orto si apre alla cittadinanza e alle scuole per diffondere la cultura botanica.

Da maggio 2008 sono disponibili percorsi multisensoriali tattili e olfattivi per non vedenti.