La sede museale si articola in tre corpi di fabbrica due dei quali destinati all'esposizione. L'edificio ""A"" realizzato negli anni '70 quando venne istituito il museo, e l'edificio "B", torrione del fortino borbonico di cui restano larghi tratti di mura.

Il Museo illustra la storia della colonia greca di Naxos, prendendo al contempo in esame le evidenze preistoriche, attestanti l'ininterrotta continuità di vita nel sito.

Le collezioni sono costituite in massima parte da reperti provenienti dagli scavi che, condotti a partire dal 1953, sono ancora in corso nel sito dell'antica colonia. Un ristretto gruppo di materiali rinvenuti tra la fine dell '800 e gli inizi del nostro secolo proviene dai Musei Archeologici di Palermo e Siracusa e, molto di recente, anche dal Museo dell'Università di Heidelberg grazie alla cessione di un frammento di arula con sfingi affrontate, che, acquistato nel 1902 a Taormina da F. von Duhn, risulta perfettamente riconnettibile ad uno del Museo di Naxos.

L'ordinamento segue un criterio cronologico.

Piano terra

Il periodo preistorico

Reperti rinvenuti tra la fine dell'800 ed i primi del '900

La fase più antica dello stanziamento coloniale: materiali ceramici tardo-geometrici di produzione corinzia e di produzione euboico-cicladica e di imitazione; corredi rinvenuti nella necropoli settentrionale; anfore da trasporto arcaiche, di fabbriche diverse, tutte riutilizzate come sepolture

Piano 1

Monete del V sec a.C. dal quartiere settentrionale della città

Le aree sacre della città: rivestimenti architettonici ed antefisse a maschera silenica

L'abitato arcaico e classico, le necropoli del V sec. a.C. e quelle ellenistiche (III sec. a.C.)

Torrione del Fortino Borbonico

Reperti da recuperi subacquei (ceppi d'ancora, macine, anfore)