L’Orto Botanico si estende su una superficie di circa 16.000 mq a 75 m s.l.m., su suoli in parte di origine vulcanica (lave di epoca romana) e in parte alluvionali; il clima è termomediterraneo subumido (precipitazioni medie annue 732 mm, temperatura media annua 18 C).

L’area è suddivisa in Hortus Generalis (13.000 mq), che raccoglie soprattutto piante esotiche, ed Hortus Siculus (3000 mq), destinato alla coltivazione di specie spontanee siciliane.

L’Hortus Generalis, in stile formale o all’italiana, è diviso da viali ortogonali in ventidue settori geometrici delimitati da larghi gradini in pietra calcarea da taglio; la regolarità delle forme è accentuata dalla presenza di tre vasche circolari, utilizzate per la coltivazione delle piante acquatiche.

L’Hortus Siculus, con la sua collezione di piante spontanee dell’isola, costituisce un settore peculiare. Una recente ristrutturazione ha permesso la creazione di aree diversificate nelle quali sono stati riprodotti alcuni ambienti tipici mediterranei (ambiente dunale, roccaglie, ambienti umidi, bosco e macchia mediterranea). In questi ambienti, insieme a piante comuni e diffuse si trovano specie quanto mai rare in Sicilia.