Il Museo, realizzato nel 1988, è allestito negli spazi sotterranei sottostanti la monumentale sacrestia del Tempio dell'Incoronata, l'atrio di quest'ultima e la galleria destra di ingresso alla chiesa. Consta di tre locali di diverse dimensioni caratterizzati dal reciproco intersecarsi di volte a botte e a vela, archi, nicchie, strombature di finestre.

Durante i lavori di sistemazione degli ambienti sono stati messi in evidenza alcuni dei particolari architettonici esistenti per ricordare e sottolineare il carattere un tempo "domestico" dei locali utilizzati: un pozzo ancora funzionante, scivoli per lo scarico d Le opere presentate hanno un carattere di rarità e di unicità che consiste nel determinare dal punto di vista formale un insieme di pezzi che, oltre a possedere i requisiti di un museo d'arte sacra, testimonia la raccolta di oggetti legati alle funzioni religiose di un importante santuario.

Alcune delle argenterie riportano marchi di bottega come il caso di una pisside da viatico, del XVIII secolo, con il motivo della campana, marchio già noto nel Seicento. Abbastanza vasto è il repertorio di oggetti liturgici d'uso complementare: reliquiari, candelieri, vasi portapalme, secchielli, ampolline, busti portareliquie. Un accenno particolare va riservato alla preziosa Pace tardocinquecentesca, frutto di una bottega di smaltatori milanesi (realizzata a smalto a pittura opaca su sfondo a traslucido e base di preparazione argentea senza ""sinopia"" ma a rigature parallele), conservata in un contenitore di cuoio, che reca inciso sul retro l'immagine di Cristo alla colonna e sul verso il pastorale con mitria vescovile, un animale rampante e l'iscrizione ""Ama Dio"". Degna di nota è inoltre, una sveglia d'appoggio, raffinato oggetto di tecnica orologiaia e di arte applicata, databile alla metà del Settecento, che fu eseguita da Antonio Kurtzweil, attivo a Vienna fra il 1746 e il 1763.